Существует 2 основные проблемы при отключении цилиндров двигателя это резкое снижение крутящего момента и увеличение его неравномерности по мере отключения цилиндров.

При нормальной эксплуатации автомобиля двигатель работает продолжительное время не на максимальной мощности, на таких режимах целесообразно производить отключение цилиндров. Как показали расчеты, при отключении цилиндров суммарный крутящий момент будет уменьшаться. Во избежание его уменьшения следует с помощью электронной системы управления двигателем изменить количество подаваемого топлива в работающие цилиндры, что позволит избежать рывков, вызванных уменьшением крутящего момента при отключении цилиндров. Данные действия помогут сохранить крутящий момент на том же уровне, как и до отключения. При включении цилиндров поддача топлива уменьшается до нормы, благодаря этому крутящий момент сохраняется на необходимом уровне. Из графика зависимости удельного расхода  топлива от использования потенциала мощности цилиндров, который имеет вид параболической зависимости видно, что при увеличении загруженности цилиндров двигателя удельный расход снижается. Следовательно, при отключении цилиндров и максимальном использовании потенциала остальных цилиндров достигается ощутимая экономия топлива. Как видно основная проблема в данном вопросе заключается в разработке программного обеспечения, которое будет производить отключение цилиндров и корректировать подачу топлива в остальные цилиндры двигателя.

Другим нюансом внедрения модульных двигателей с отключаемыми цилиндрами является неравномерность крутящего момента. Непостоянство крутящего момента возникает из-за маховых масс, сил трения, сжатия горючей смеси и самого рабочего хода. Для оценки степени неравномерности крутящего момента двигателя используется коэффициент неравномерности крутящего момента µ, который определяется отношением разности максимального и минимального крутящего момента к среднему крутящему моменту. Как показали расчеты при отключении цилиндров неравномерность возрастает. Для решения данной проблемы предлагается использовать маховики с изменяемыми маховыми массами, это позволит без существенного увеличения массы маховика сгладить неравномерность крутящего момента при работе двигателя.